1- остатки не проблема
2 - взаиморасчеты не проблема
3 -касса  банк не проблема
работа по ордерной схеме, есть частично накладные не отгруженные, как их перенести в нов базу? Если Реализацией - так он на взаиморасчеты влияет , а если корректировкой регистров так ордер потом не закрывает остатки ...

"если корректировкой регистров так ордер потом не закрывает остатки ..."
Значит, корректировка неправильно заполняется....

(1) а можно повесить всех клиентов на 1 документ?