У компании открылся филиал и в нем я установил Active Directory, т.е. новый дочерний домен в существующем домене. Теперь хочу еще установить и DNS службу в филиале. DNS как установить? Как вторичный сервер DNS главной зоны? Или как полноценный?

зависит от
1. доверительных отношений между доменами (могут быть проблеммы с правами)
2. топологии сети (маршрутеризации запросов и как следствие увеличение трафика и забитие канала)
3. безопасности (не забываем про DDOS атаки на DNS сервера)
4. еще много чего....

сервера напрямую видят друг друга.
и подключены через vlan