В общем поставили задачу, при определенном условии, у документа не должен быть префикс. Пишу так:

Если ВидСотрудников = Перечисления.ВидыСотрудников.ПоДоговору Тогда
        Префикс = "";
    Иначе    
        Префикс = Фирма.ПрефиксДокументов;
    КонецЕсли;

Когда префикс = "", то документ сохраняется со старым префиксом, т.е. префикс не очищается
что за глюк?

А если к примеру вместо Префикс = "", ставлю Префикс = "К", то документ сохраняется с новым префиксом "К"
что за глюк?

Попробуй Префикс = "0";

Вот тебе процедурина из УПП:

Процедура ДобавитьПрефиксОрганизации(ДокументОбъект, Префикс) Экспорт
    
    // Если в документе нет реквизита "Организация" или для организации не задан префикс,
    // то используем пустой префикс, иначе используем префикс организации.
    Префикс = "0";
    
    Если ДокументОбъект.Метаданные().Реквизиты.Найти("Организация") <> Неопределено Тогда
        ПрефиксОрганизации = ПолучитьЗначениеРеквизита(ДокументОбъект.Организация, "Префикс");
        Если ЗначениеЗаполнено(ПрефиксОрганизации) Тогда
            Префикс = ПрефиксОрганизации;
        КонецЕсли;
    КонецЕсли;
    
КонецПроцедуры

(1) видимо так и придется, но это разве нормально??

так и должно быть.

(4) ясно, спс

(3) Номер автоматом задается с учетом большего кода символа лидирующих символов. "К">"0"

(6) по ходу, будет отдельная нумерация по префиксам для "0" и для "К"

(7) по идее так и надо, нумерация без префикса должна отличаться от той, что с префиксом