Основное начисление расчитывается по формуле:
НашДенежныйПоказатель/НормаВремениВЧасах*ВремяВЧасах - РасчетнаяБаза
В расчетную базу входят оклад по часам и всевозможные надбавки, доплаты, коэффициенты.
Если не заполнены вытесняющие виды расчета, тогда ВремяВЧасах не учитывает неявки сотрудника. Если заполнить вытесняющие виды расчета, тогда пересчитываются все входящие в базу начисления второго уровня и выше по формуле: НовоеЗначение = СтароеЗначение*ВремяСУчетомНеявок/ВремяБезУчетаНеявок.
Вопрос: как учесть неявки в показателе ВремяВЧасах, сохранив при этом Расчетную базу?

ИМХО. Информации недостаточно. Неявки бывают разные, основные начисления тоже. Нужен пример расчета основного начисления вручную (что ожидаешь) и то что даёт комментированный расчет (что получаешь)

Хорошо, можно упростить. В базу добавляю только РайонныйКоэффициент, в вытесняющие - только отпуск. РайонныйКоэффициент пересчитывается с учетом дней отпуска.

Разобралась. Это нормальное поведение 1С.
В таком случае нужно время учитывать сразу в показателе, т.е. НашПоказатель = НашДенежныйПоказатель*ВремяВЧасах и очистить все вытесняющие виды расчета.
Формулу расчета изменить на НашПоказатель/НормаВремениВЧасах - РасчетнаяБаза.