Делаю вот так:
    Построитель = Новый ПостроительЗапроса();
    Построитель.Текст=
    "ВЫБРАТЬ
    |    Номенклатура.Код,
    |    Номенклатура.Наименование,
    |    Номенклатура.БазоваяЕдиницаИзмерения
    |ИЗ
    |    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
    |{ГДЕ
    |    Номенклатура.БазоваяЕдиницаИзмерения.*}
    |"
    ;
    Построитель.ЗаполнитьНастройки();
    Отбор=Построитель.Отбор;
    лНом=Отбор.Найти("БазоваяЕдиницаИзмерения");
    лНом=Отбор.Добавить("БазоваяЕдиницаИзмерения");    
    лНом.Значение=ЕдиницаИзмерения;
    лНом.ВидСравнения=ВидСравнения.Равно;
    лНом.Использование=НЕ ЕдиницаИзмерения.Пустая();
    Построитель.Выполнить();
    Построитель.Результат.Выгрузить().ВыбратьСтроку();

Работает.
Закоментил строчки
"    |{ГДЕ
    |    Номенклатура.БазоваяЕдиницаИзмерения.*}
"
все равно работает.
Тогда в  чем смысл этих строчек, поясните плз.

Эти строчки - расширение языка запросов.
В данном случае - возможность фильтра по любому реквизиту атрибута БазоваяЕдиницаИзмерения

Расширение языка запросов - опциональный механизм

(1) А где вообще эти строчки можно применить, для чего они?
Я делаю например вот так:
    Построитель.Текст=
    "ВЫБРАТЬ
    |    Номенклатура.Код,
    |    Номенклатура.Наименование,
    |    Номенклатура.БазоваяЕдиницаИзмерения
    |ИЗ
    |    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
    //|{ГДЕ
    //|    Номенклатура.БазоваяЕдиницаИзмерения.*}
    |"
    ;
    Построитель.ЗаполнитьНастройки();
    Отбор=Построитель.Отбор;
    лНом=Отбор.Добавить("БазоваяЕдиницаИзмерения.Наименование");    
    лНом.Значение="кг";
    лНом.ВидСравнения=ВидСравнения.Содержит;
    лНом.Использование=истина;
    Построитель.Выполнить();
    Построитель.Результат.Выгрузить().ВыбратьСтроку();

Тут опять же эти строчик заремлены, и все равно работает. Почему?