Как в СКД сделать возможным, чтобы результат выводился или по первому запросу или по второму. На данный момент у меня в одном отчете две схемы в каждом свой запрос, и чтобы поменять вариант исполнения надо в конфигураторе менять основную схему.

Ну так и действуй программно. Гугл не хило поможет тебе в начинаниях. Инфа 146%

(0) можно еще вложенные схемы использовать

Насчет программно я знаю как и уже сделал. Но ведь как то возможно на СКД замутить. А насчет вложенных схем посмотрю что и как.

Если структуры результатов запросов одинаковые, то объедини их и добавь условие Где &ПервыйЗапрос, во второй соответственно Где Не &ПервыйЗапрос

Нет, структуры разные , запрос проверяет правильность документов, в первом к РТУ запрос делаю, а во втором к транспортировке. Решил проблему  вложенными схемами.

Не знаю как насчет программно. Схема-то подгружается при открытии отчета основная.
Но вот кнопочку на форму замутить и по ней выбирать какая схема нужна - реально.
И кстати, если при таком варианте потом настроить варианты отчета и пользоваться ими то схема будет подтягиваться автоматически. У меня есть пара отчетов на двух и даже на трех схемах - по результатам пользования могу сказать что этов есьма заковыристая штука и проще уж два отчета наваять.