Можно вообще?

Ты, вообще, в курсе, что в бух 2.0 один план счетов?

Я то в курсе, как обойти такие сообщения после которых не проводятся документы "в налоговом учете не найдены остатки по партии".

В поиск пробовал?
Вообще, не отключать надо, а анализировать почему они возникают. Программа просто так орать не будет. У меня, например, когда-то доблестные бухи пытались из услуг скомпоновать внеоборотный актив. И программа ругалась. Проанализировал, по шапке настучал.

Я проанализировал. Остатков действительно нет. Ну и что? Мне надо документ провести. Бухи пусть сами дальше анализируют.

2(4) Что проанализировал? Где остатков нет?

(5) на 41 счете остатков нет.

Остатки, случаем, не ручной операцией вводили?
Вообще, вариантов миллион. Как вариант по отладчиком пройтись по модулю проведения и посмотреть причину. Контроль не вырубай, пригодится.