В обработке УниверсальныйОбменДаннымиXML выгрузил модкль отладки выгрузки, создал ОбработчикиВыгрузкиДанныхРозницаБП.epf
// Для решения задачи достаточно будет в
Процедура Конвертация_ПередВыгрузкойОбъекта(ФайлОбмена, Отказ, ИмяПКО, Правило, ВходящиеДанные, ИсходящиеДанные,Объект) Экспорт
// добавить что-то типа:
Если Объект.Организация <> ПараметрОрганизация Тогда
Отказ = Истина;
КонецЕсли;
// или это надо в каждую процедуру типа:
Процедура ПКО_ПередВыгрузкой_ПоступлениеТоваровУслуг(...
?