1. могут остатся хорошие кластеры помеченые как бед
2. физически на диске могут бять вирусы (не обязательно в файлах, типа вируса DIR, или какие с загрузчика), после быстрого форматирования они могут выжить
TurboConf — расширение возможностей Конфигуратора 1С