Необходимо некоторые затраты на 20 счете собирать отдельно. Бухгалтерия хочет отедельный субсчет на счете 20.01. Чем это может грозить? не усложнится ли работа (закрытие счетов), может есть какая-то альтернатива?

не соглашайся

(1) какое может быть решение?

сделай отдельно нг и не парься

Аналитики, которые надо собирать отдельно - выдели в отдельную группу в справочнике. все.

Бухгалтерия предприятия прекрасно переживает ввод субсчетов на 20.01

(0) Проблемы будут только если в каком-нибудь отчете или регл. отчетности будут собираться данные не по В ИЕРАРХИИ 20.
Но такого я уже не помню, хотя 1С всегда может наделать новых фич :)

(2) напиши проблему, будет и решение ))