Пользователь запустил групповое перепроведение документов, теперь хочет его оставновить, но чтобы служебные комментарии остались, можно ли так сделать? ctrl break не подходит

нет

а служебные сообщения можно потом отдельно посмотреть в файлике каком нить они ведь хранятся, или нет?

в логах скорее, только где именно?