Недавно стояла такая же задача. Что сделали.
1. Загрузили чистую конфигурацию.
2. Обновили.
3. Вернули доработки.
4. Переносом дополнили данные из не обновленной конфигурации.
Если все будет грамотно, то будет успешно.
Глупец, лишенный способности посмеяться над собой вместе с другими, не сможет долго выносить программирование. Фредерик Брукс-младший