В типовом ЗУПе ввожу 2 табеля за 1 месяц, один в сдельном наряде, другой в табеле учета рабочего времени, в начислении ЗП происходит суммирование этих табелей по виду расчета за отработанные часы, но ведь часть месяца это сдельный наряд.

(0) Тебе изначально не надо учитывать время сдельного наряда. Флаг ставится только тогда когда хочешь включить это время в распределение основного заработка.

(1) Флаг где?

нашел