Подскажите где можно прописать правила фильтрации строк в документе,чтоб не все выгружались ?

в ПКГС ПередОбработкой или ПередВыгрузкой

а если у меня алгоритм прописан в правилах выгрузки,то эти обработчики будут действовать на результат этого алгоритма ?

(2)в алгоритме заполняй только нужные строки, остальные пропускай

(2) конечно. только в данном случае эффективнее, как в (3)