Нужно справочник почистить. Пишу:

Для Каждого ТекСтрока ИЗ Контрагенты Цикл
   МассивСсылок = Новый Массив;
   МассивСсылок.Добавить(ТекСтрока.Контрагент);    
   ТабСсылок = НайтиПоСсылкам(МассивСсылок);
   //...
   Для Каждого Ссылка из ТабСсылок Цикл
       //...
       Если ТипЗнч(Ссылка[1]) = Тип("РегистрСведенийКлючЗаписи.ВерсииОбъектов") Тогда
           МенеджерЗаписи=РегистрыСведений["ВерсииОбъектов"].СоздатьМенеджерЗаписи();
           ЗаполнитьЗначенияСвойств(МенеджерЗаписи, Ссылка[1]);
           МенеджерЗаписи.Удалить();
       КонецЕсли;
       //...        
   КонецЦикла;
   //...
КонецЦикла;

не работает

(0) это ты хвастаешься?

СоздатьМенеджерЗаписи()
Записать()

(2), всё на месте остается. Второй раз прогоняю циклом и опять те же самые записи всплывают

(4) вряд ли ...

(4) раз записи остаются, значит то что ты удаляешь и так не было. ВерсииОбъектов периодический?

Ты уверен, что тебе нужен МенеджерЗаписей, а не НаборЗаписей?
Тут посмотри:
http://www.1c-h.ru/?p=1396#rs-3

(6), да, действительно. Одни записи удаляются , другие внезапно появляются после удаления