Не могу найти информацию про ведению, учета алкогольных акцизов в конфигурации, есть регистр СведенияОбАлкогольнойПродукции, но не могу понять, как и что нужно сделать, чтобы в счет фактуре выводились данные о том, что товар должно проходить с акцизами.
Нет, учета алкогольной продукции по акцизам в счет фактурах во всех типовых конфигурациях, регистр "СведенияОбАлкогольнойПродукции", только для формирования декларации. Но достаточно не логично делать для этого поля параметр "Акциз".