В справочнике "Виды ежегодных отпусков" есть 2 способа расчета остатка: - по календарным дням;
- по рабочим дням.

После ввода остатков отпусков. Суммарное количество оставшихся дней рассчитывается только по видам отпусков со способом расчета "по календарным дням", а остатки по видам отпусков со способом расчета "по рабочим дням" игнорируются. Программа вообще эти виды отпусков не считает ежегодными.

Такое поведение систем является правильным?

В ЗУП вроде нормально, проблема в УПП 1.3 (1.3.28.1)

Не должно быть отпусков по рабочим дням, вот и игнорирует.