Если речь про обычный план обмена, то в процедуре ПриОтправкеПолучателю (или как-то так, не помню) можно фильтровать как угодно и отменять выгрузку отдельных элементов.
(4)С чего бы это? У тебя будут рассинхронизованы справочники в обеих конфигурациях это во первых, а во вторых в базе приемнике у выгруженного документа вместо элементов справочника будет битая ссылка на элемент справочника )
Да дело-то простое. База-источник содержит "мусор". Вот думаю, как бы извернуться и не тащить его в базу приемник.
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший