Есть ли возможность в СКД промежуточные итоги по группировкам считать одним способом (напр. Сумма(Начислено)), а конечные итоги по промежуточным группировкам другим (напр. СРЕДНЕЕ(Начислено)) ? Подскажите как если возможно.

Сотрудник 1           20
вид начисления 1     10
вид начисления 2     10

Сотрудник 2           40
вид начисления 1     20
вид начисления 2     20

Итого                 30

Если я тебя правильно понял - то нужно тебе в макете компоновки на закладке Ресурсы настроить какие поля как рассчитывать. А группировки настроить в колонке Рассчитывать по...

(1) пробывал не получилось, в о общих итогах общая сумма

+ (2)
Делал в ресурсах
Сумма(Начислено) по Сотрудникам
Среднее(Начислено) по ОбщийИтог

Посчитать в запросе и выводить условным оформлением на нужных уровнях.

(4) условным оформлением это как, что то не понял

Два ресурса, сумма и среднее. Одно выбранное поле. Условным заменяешь значение.

(3) - так правильно и так работает. Видно проблема в другом (в полученных данных, в группировках и пр.) -  сразу не очевидном.