имеем плановые начисления в виде
с 05.03.2010 начать Доплата 4%  Кадровое перемещение
с 01.10.2010 изменить Доплата 8%  Ввод сведений о плановых начислениях

Делаем начисление за май 2012
а) Если заполняем списком сотрудников по подразделению, то доплата 4%
б) Если заполняем подбором сотрудника или списком с указанием "сотрудник в списке", то доплата 8%

Как так и куда копать?

указываешь в шапке документа "подразделение" или в подбором в списке указываешь подразделение?

и там и там

кстати...
Если не указать в шапке, то некоторым ставит правильно, а некоторые так и остаются

ТИИ проводил, бред какой-то

(0) Может это разные начисления "Доплата" (код в смысле)?

нет, это одно. Тупо перевыбираем его в доке начисления и процент меняется, а вот автоматом не всегда верно ставится.

Где могут ещё храниться данные о начислениях без привязки к сотрам?

мож где в должности, подразделении...

как это посмотреть?

Нашёл и победил....

Есть такая штука, надбавки по штатному расписанию.

Так вот если они вдруг оказались отличными от плановых начислений сотрудника, то при автоматическом заполнении берёт показатели из штатки, а при указании сотрудника из плановых начислений...

PS расстрелсть бы отдел кадров