Подскажите, а можно-ли по Регистру выбрать дебет/кредит по каждой накладной? Если - да, то - как?

по регистру обычно приход/расход. Дебет/кредит - это к счетам.
Если под "дебет/кредит" подразумеваешь движения, то "по каждой накладной" можно всегда, если же "дебет/кредит" - это сальдо/остаток - то только при наличии соответствующего измерения/субконто (+ регистр/счет, естесно, не оборотные).

Конкретно, на фирме работает несколько менеджеров у каждого из них свои клиенты. Менеджер хочет знать если у него отрицательное салдо - то какие накладные не оплачены?..

(2)если для накладных есть измерение в регистре остатков или необоротное субконто на субсчете и документы оплаты двигают суммы по этому регистру/счету - то менеджер может узнать долги по накладным. Можно, конечно, и арифметикой заниматься от даты начала ведения учета и по сегодня, но врядли это приемлемо.

ps. Неоплаченные накладные могут быть и при общем положительном сальдо по клиенту...

в типовой ТиС есть проекты... Проект - менеджер в каждом документе позволяет получить из типовой отчет по проектам... без всяких "танцев с саблями" Хачатуряна

Тьфу.. применимо к 1С - "Танцев с граблями", конечно!!