В справочнике контрагенты, контактная информация хранится как табличная часть элемента.

В базе будет большое количество записей. И нужен будет поиск контрагента по контактной информации. Может-ли такая структура хранения замедлить поиск? может лучше переделать в регистр сведений?

Пофиг.

Но общий регистр аля УТ 10.3 мне больше нравился.

имхо - запрос к табличной части элемента справочника вернет значение быстрее, чем запрос к РС

(3) Этим можно пренебречь, там мизер будет выигрыша.
А вот минусы хранения в толпе отдельных таблиц - гораздо существенней.

(4) а в чем минусы хранения хранения маленькими таблицами? Это очень удобно - ты знаешь название этой таблицы и работаешь с ней, не ворочая таблицу контактной инфы на 100500 записей, с 1912 года

(5) если я правильно понимаю, то как раз наоборот, прийдется перебрать много маленьких таблиц, чтобы узнать кому она принадлежит.

(4) (5) А вы уверены что вы верно представляете внутреннюю структуры таблицы табличной части справочника?

(7) Уверены.