Можно ли объединить, привести к общему идентификатору например справочник номенклатура и контрагентов двух разных баз БП 2.0 и УТ 10.3 которые до какого то момента жили собственной жизнью, а теперь надо настроить односторонний обмен из УТ в БП?

можно. но не идентификаторы, а загрузку в один элемент. смотри в сторону РС СоответствиеОбъектовДляОбмена