По какому алгоритму проставляются галочки в окне сравнения конфигураций? Или информация о галочках содержится в файле обновления и проставляются разработчиками?

по алгоритму что изменено, то и проставляется

покурить толстую книжку по 8.0

О да. Разработчиками. Они для каждой рег анкеты по интернетам хакают изменения типовых и эта, проставляют.
Простите.

>по алгоритму что изменено, то и проставляется

а вот хрен... силу еще имеют правила поддержки

Зачем, вы думаете, интернет-поддержка в релизах последних БП? Именно чтобы не хакать, а полулегальным путем получать изменения. Я так щетаю.

Просто бывает у объекта есть изменения и в основной конфигурации и в конфигурации поставщика, то бывает ставит галочку а бывает нет.

и ведь, ЧСХ, первая же ссылка яндекса.
http://yandex.ru/yandsearch?text=обновление+нетиповой+конфигурации&msid=209491328687439865437&lr=64