В запросе можно сделать проверку на уникальность ?
подскажите как ?

можно, поясни вопрос

Тогда приведу запрос, может положите

ВЫБРАТЬ
   НДСЗаписиКнигиПродаж.Период,
   НДСЗаписиКнигиПродаж.Покупатель.Регион КАК Регион,
   НДСЗаписиКнигиПродаж.Покупатель,
   НДСЗаписиКнигиПродаж.НалоговаяНакладная КАК НомерНН,
   ПОДСТРОКА(" ", 0, 10) КАК Сумма,
   ПОДСТРОКА(" ", 0, 12) КАК Комментарий,
   НДСЗаписиКнигиПродаж.Регистратор.ДоговорКонтрагента КАК Агент
ИЗ
   РегистрНакопления.НДСЗаписиКнигиПродаж КАК НДСЗаписиКнигиПродаж
ГДЕ
   НДСЗаписиКнигиПродаж.Период МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
   НомерНН


Необходимо проверить на уникальность НомерНН если такие номера уже есть в регистре чтоб выдал сообщение такой-то номер не уникальный.

Или надо делать Выборку и обходить весь регистр ?

ЫБРАТЬ
   НДСЗаписиКнигиПродаж.НалоговаяНакладная КАК НомерНН,
Количество(НДСЗаписиКнигиПродаж.НалоговаяНакладная) Как счет
ИЗ
   РегистрНакопления.НДСЗаписиКнигиПродаж КАК НДСЗаписиКнигиПродаж
ГДЕ
   НДСЗаписиКнигиПродаж.Период МЕЖДУ &ДатаНач И &ДатаКон
Группировать по НДСЗаписиКнигиПродаж.НалоговаяНакладная
Имеющие счет > 1


Где-то так. Не очень я пока силён в синтаксисе запросов, но смысл должен быть понятен.

Сгруппируйте по НомерНН, ИМЕЮЩИЕ КОЛИЧЕСТВО(Регистратор)>1. Если результат не пустой - есть дубликаты.