При разработке доработок мы все процедуры стараемся держать в своих общих модулях. Один соответственно только серверный, второй с галочками "Сервер, Внешнее соединение, Клиент (обычное приложение)".

Вот вопрос, а в какой из них запихивать процедуру, если она потенциально может и там и там работать?
Как правильнее?

Сделайте три модуля. Чисто серверный, чисто клиентский, и тот и другой.
ВашМодульКлиентСервер.Процедура_Которая_Может_И_Там_И_Там_Работать()

(1) я про другое спрашивал, думаю не правильнее ли все на серверный модуль валить? если она там нормально работает и может выдать нужный результат...

правильнее там, где она нужна.
В режиме обычного приложения она вам нужна? Во внешнем соединении она вам нужна? Если да, тогда во втором, если нет, тогда только в серверном модуле.

(3) она нужна при работе пользователя, но она легко может выполниться и в серверном модуле и пользователю лишь результат вернуть нужный...

(4) в (1) всё верно указано. Если это может быть выполнено в рамках контекста клиента - незачем на сервер лезть! Вас ведь оптимальность решения тоже интересует?