Учредитель внёс деньги 20 000 через ПКО. Статья ДДС - прочие поступления. но в книге доходов-расходов, эта цифра идёт как прибыль, но ведь это не прибыль. как быть?

уставный капитал это ?

(0) прочие поступления невозможно автоматизировать, буха сама ставит сумму в книге. По умолчанию программа берет всё, но бух может поставить 0. Ну или там 10000, 15000 - сколько ей вздумается.