При открытии формы, помимо обработки рабочего стола, надо открыть еще две формы:

Процедура ПриНачалеРаботыСистемы()
    ОкноРабочегоСтола = Неопределено;
    Окна = ПолучитьОкна();
    Для Каждого Окно Из Окна Цикл
        Если Окно.Основное Тогда
            ОкноРабочегоСтола = Окно;
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;
    Если ОкноРабочегоСтола <> Неопределено Тогда
        ОткрытьФорму("ОбщаяФорма.ДополнительныйРабочийСтол_1",,,, ОкноРабочегоСтола,,, РежимОткрытияОкнаФормы.Независимый);
        ОткрытьФорму("ОбщаяФорма.ДополнительныйРабочийСтол_2",,,, ОкноРабочегоСтола,,, РежимОткрытияОкнаФормы.Независимый);
    КонецЕсли;
КонецПроцедуры

Вроде как все работает нормально. Но! Если в ПриОткрытии в форме ОбщаяФорма.ДополнительныйРабочийСтол_1 вызвать ПоказатьПредупреждение, то вторая форма открывается, используя в качестве владельца это самое окно предупреждения.

Можно как-то побороть простыми методами?

Обработчик ожидания повесь в форме 1 и на нем открывай, может сработает

2(1) Спасибо за совет. Не очень для нас подходит обработчик ожидания.

ну тогда вызывай форму обработки и пиши там свое предупреждение- аля закос под предупреждение

2(3) Как-то очень жестко для такой простой проблемы. Тогда уж отказаться от предупреждения и валить в Сообщить.

(4) Это я тебе сначало хотел и предложить, но ты мальчик взрослый, я думаю что тебя такой варик уже не устраивал и ты спросил на форуме, потому как бывают ситуации когда пользаку надо в лоб предупреждением дать, что бы он его заметил

2(5) Все верно. Надо именно ткнуть в глаза и заставить отреагировать на предупреждение. Но только пользователя с определенной функцией. Т.е. очень узкая задача и проще отказаться от очевидного тыканья, чем городить специальную форму. Была еще мысль прям на форме сделать слой с предупреждением и переключаться на него.

(2)

Разовый обработчик ожидания, буквально на 0,5 сек
Лишь бы вторая форма успела открыться.

Или "всё печально" ?

2(7) Попробуем.

В итоге плюнули и поменяли местами открытия форм. Во второй точно никаких предупреждений не будет.
Всем спасибо.

(9) А че так можно было? :)

(9)
Куда плюнули?

2(10) Сам в шоке.
2(11) В душу разработчикам "восьмерки".