Добрый день. Почему по документу  Начисление зп и взносов  в отчет Подробный анализ НДФЛ по сотрудникам  падают отриц.суммы по Налоговой базе и исчисленному налогу.

Также по документу Перечисление НДФЛ в бюджет в отчете Подроб.анализ НДФЛ и в самом документе отличаются суммы. В итоге это приводит, что в колонке "Осталось перечислить " возникает отриц.сумма. (зуп 3.1)

(0)Отрицательные суммы могут быть только с отрицательной основы.
Там же простая арифметика.
Советую посмотреть в эту сторону.

Давайте картинки.

https://disk.yandex.ru/i/K6eF2d2l8z48BA

https://disk.yandex.ru/i/AvwLZfhKWuQb3Q

(5) Это по одному сотруднику? А то у него оклад выходит в районе 205к-210к

Впрочем неважно. Дело было в августе. Сначала человеку начислили аванс за полмесяца и только потом оказалось, что он числа с 14-го ушёл в отпуск. В результате по месяцу оказалось, что аванс > его всей зарплаты за месяц. Отпускные не в счёт, они прошли отдельным доком.
Ну и тут пошли ручные правки, что вылилось в регистровый затык.

как это теперь исправить?

Хотя нет, отпускные же выплатили не по кассе, а по банку 7-го августа. Тогда аванс по идее на данной фирме не точно по отработанным дням считается, а фиксировано, вроде 40% от оклада.
Подтверждаете или нет?

(8) Сейчас наш перфекционист начнёт возмущаться, но лично я настроил бы новое начисление "Без НДФЛ и взносов" и потом завёл бы его плюсом в доке начисления аванса на разницу с окончательной зарплатой, а тот аванс зарплатный уменьшил бы, соответственно. Чтобы к выплате сумма не изменилась. Только теперь она будет составная: из облагаемой НДФЛ и нет, т.е. НДФЛ станет адекватным полному месяцу.
Ну а в окончательном доке начисления зп уже добавил бы строку с этим новым начислением с МИНУСОМ.

возможно

(11) Это не ответ. А то у меня картина тогда не сложится. Не могла умная программа при опции расчёта аванса по отработанному времени не заметить отпуск от 7-го августа.

Пока в РегистрНакопления.СведенияОДоходахНДФЛ не закроется в ноль сумма дохода в разрезе реквизита ЗарегистрированоПриНачисленииАванса, этот минус так и будет висеть. Причем закрыть его можно только документом переноса данных, операция НДФЛ так не может (так по крайней было полгода назад в ЕРП).

(10) Товарищ Остер, я уже устал. Я мухожук.

(7) На самом деле я могу назвать еще три причины такого поведения программы. Но зачем? По этим картинкам определить настоящую причину достаточно сложно.

А начнешь советы давать - можно сделать только хуже.
Я же придерживаюсь принципа "не навреди", который запрещает резать по живому без достаточной диагностики.