Как в конвертации данных 2.1 настроить выгрузку только не помеченных на удаление объектов?

В ПВД

Но проще не регистрировать такие объекты на узле (снимать регистрацию при установке пометки на удаление)

в Перед выгрузкой объекта написать

Отказ = Объект.ПометкаУдаления;

На самом деле не все так просто может быть, как мы описали - объект может выгружаться как ссылка в каком-нибудь другом объекте (запись / набор записей регистра, например) и в этом случае надо уже у автора узнавать, чего там ему надо на самом деле.

Но так делать нельзя.
Ибо в первый раз выгрузили объект, потом его прибили в источнике, а в приёмнике он так и останется проведенным, например

(5) На случай передачи удалений объектов пишется соответствующий код на стороне приемника (в событиях получения).
Ну короче, как уже написал выше, смотреть по факту надо, чего там надо. Автор, думаю, о таком не задумывался даже.

(4) нужно выгружать все, не помеченные на удаления, данные из Справочника Номенклатуры,

(7) тупо в пко Номенклатура перед выгрузкой поставь как в (3).

(8) спасибо

(8) в пко или пвд?

(7) Эта информация, как говорится, "ни о чем".
После совета из (8) у тебя могут, например, оказаться битые ссылки в документах в базе-приемнике (например, когда новую номенклатуру подобрали в документ, затем пометили номенклатуру на удаление, а в документе она осталась, и это все произошло между сеансами обмена).
Я бы поставил в ПВД, чтобы по ссылкам номенклатура-таки выгружалась.