Всем доброго времени суток
Подскажите пожалуйста как сделать отчёт по взаиморасчётам с контрагентами?

сделать где?

В Документообороте - никак.

(0) сначала нужно создать необходимые документы, регистры, а только потом уже можно будет по ним сделать отчет

Нужно вывести задолженности контрагента и компании
я не понял как

(3) Документы(РасходнаяНакладная,ПриходнаяНакладная)
Регистр (ОстаткиТоваров)
Справочники (Контрагент,ДоговорКонтрагентов и Организация) есть

(5) регистр взаиморасчеты должен быть

(5) а "деньги" где?

(7) Кризис денег нет :)

(8) Но вы держитесь там... И хорошего настроения...

(5) А приходники и ввод безналичной оплаты где ?
Предложенные документы отражают только движение товара, и если у них флагов оплаты не придумали, но никаких взаиморасчётов не будет - будут только обороты.