Между базами реализован обмен в ручную  одного вида документа через XML файлы.
Стоит вопрос как реализовать отправку подтверждения изменения обратно в базу отправитель?

как вариант - удалением файла обмена. или созданием ответного файла

(0) Зачать и тут же закончить запись сообщения об обмене. В принципе, можно вообще ничего не отправлять, а просто удалять регистрацию изменений для принятого номера сообщения.

+ я делал как-то схему: 2 узла, с текущими изменениями и всеми изменениями.
доки регистрируются в оба узла. Отправляется файл с данными текущего узла. регистрация текущего узла очищается.
приемник( у меня был не 1С) при чтении удаляет файл обмена.
при повторной оправке анализируется файл обмена, если он есть - отправляются данные регистрации узла со всеми изменениями.
если нет(прошлый обмен прошел без проблем) - данные узла текущих изменений

Замути план обмена.

(4) План обмена есть.
надо подтверждения когда обмен проиходит в ручную.

(2) а если файд не дошел?

(5) Что значит вручную?

сам программно выбираешь изменения документа и записываешь в файл, а не через кнопку записать изменения в плане обмена.

ап

(8) Возьми код выгрузки, убери из него обход цикла, в котором выгружаются изменения - и получишь простое подтверждение.

(8) чего ап?? я тебе дал самый реальный совет

+(9) Только не убирай ПланыОбмена.ВыбратьИзменения(), а то у тебя не будут изменения очищаться, т.к. им не будет проставлен номер сообщения, в котором они были выгружены.