ДОбрый день!
В УТ 10 есть документ счетНаОплату, одна из печ форм которого Спецификация, Клиент просит чтобы:
1. Есть договор, к нему должно быть понятно сколько спецификаций сделано;
2. сквозная нумерация спецификаций в рамках договора).
Нужно ли усложнять систему новым документом?

Пользуйтесь "Заказами покупателей".
Только с нумерацией помудрить.

(1) ушли от заказов, не нужно пока резервирование

(0) "к нему должно быть понятно сколько спецификаций сделано;"

Нам не понятно, что ему должно быть понятно. Объясни понятно.

(3) Я так понимаю у них рамочный договор, и все отгрузки происходят согласно спецификаций, которые являются приложениями к договору.

(4) А при чем здесь счет на оплату?

(0) А у тебя есть уверенность в том что ты получишь ту же номенклатуру что и в счёте на оплату?
   На мой взгляд, прикрути к накладной на поступление товара печатную форму Спецификация и добавь поле в документ НомерСпецификации, его и заполняй нужным значением автоматически или отдай на откуп оператору.

(3) В УТ 10 есть документ счетНаОплату, одна из печ форм которого Спецификация, Клиент просит чтобы:
1. в счете на оплату выводится поле договор, также есть печ форма Спецификация(http://1c.itwonline.ru/upload/iblock/71c/jtjtzxiwccpo.jpg); Клиент распечатывает Спецификацию на основании данных сч. на оплату. НО приходится вручную проставлять номер спецификации и еще держать сколько спецификаций было напечатано до тебя в рамках этого договора.
Нужно чтобы эти операции делала машина...

(7) так сложно в запросе посчитать количество этих спецификаций?

+8 т.е. не спецификаций, а счетов на оплату

(7) чего считать то? кол-во распечатанных или кол-во счетов по договору?

(0) Если счет и спецификация - одна сущность по сути, то я бы не стал плодить объекты. Добавил бы в счет данные, которые нужны для спецификации по данному счету и выводил в какой-нибудь доп. вкладке на форме.

(0) Фи УТ, В БП 3.0 уже всё есть и договор можно сделать по своей форме.

(10) количество спецификаций по договору (планирую взять запросом:
если договор есть в счете и булево (Галочка) Делаем спецификацию тогда

Запрос количество счетов на оплату с галочкой                   (спецификация) по этому договору
конец если

Номер договора = Выборка.Количество()+1)

(13) для уникальности можешь еще к номеру код договора приплюсовать спереди

ок спасибо!