Как такая ошибка может появиться для нового документа при программной попытке записи?

модифицированность, может?

(0) Расскажи подробнее - кто пытается программно записать, какой документ.

Что за конфа? Типовая?

(0) Потому что не надо две формы одного и того же объекта открывать...

(3) нет, абсолютно не типовой механизм. Основание проблемы тут Самый быстрый способ найти ссылку по реквизиту
(4) формы вообще не используются

(5) Ну так там и спрашивай... Или ссылку сразу бы привел.

Получается, что у тебя два COM-соединения обрабатывают один и тот же объект. Кто первый успел, тот и молодец, а второму сообщение в лицо.

(6) да. Но почему тогда второй просто не перезаписывает, а получает сообщение?

(7) Как он может перезаписать то, чего уже нет?

(8) документ не удалятся. Т.е с одним документом работают 2 соединения. Действия выполняются в режиме внешенего соединения.
Посмотрел по коду - документы не новые.

(9)
Первый читает ААА
Второй читает ААА
Второй записывает ААА оно становится ААБ
Первый пытается записать ААА, а его уже не существует

(9) Какая разница? Объект был получен с одними значениями реквизитов, но к моменту записи оказался с другими значениями.
По сути абсолютно все реквизиты могут быть поменяны. Платформа этого не допускает.
Это фича. Радуйся, что она есть.