Запрос.УстановитьПараметр("Организация", Документ.Организация);
или
Запрос.УстановитьПараметр("Организация", Документ.Организация.Ссылка);

Будет. Только не в запросе, а на этапе его подготовки, заполнения параметров

нет

(0) 0_o
В запросе нет.
В получении занчения для параметра - да. Второй длинней.

Документ.Организация.Ссылка.Ссылка.Ссылка.Ссылка.Ссылка
Самая быстрая конструкция.
Из-за особенностей работы оптимизатора SQL.
=)

(0) Х.з.
Проще проверить. По-хорошему, такие вещи сервер приложений должен оптимизировать.

Но лично меня вот эти вот лишние ".Ссылка" в чужом коде всегда коробили. Ибо избыточность не может не коробить перфекциониста :)

(6) Конечно, это излишества.

(0) в (4) шутка. А то вдруг что.

>> Документ.Организация.Ссылка
Получение в коде 1С значения реквизита через точку от ссылки приводит к полной загрузке объекта из базы, вместе с его табличными частями ( http://its.1c.ru/db/v8std#content:2149184145:1 ).

Поэтому запись Организация.ИНН будет неоптимальной по производительности, если Организация будет ссылкой.

Но! Запись вида Организация.Ссылка не ведет к загрузке объекта из базы, а просто возвращает уже известное значение ссылки и эквивалентно записи Организация, если Организация является ссылкой.
Так зачем писать лишнее?

А вот когда запись вида Переменная.Ссылка может пригодиться - если Переменная является параметром в каком-нибудь методе, и этот параметр может оказаться как самой ссылкой, так и объектом или структурой или выборкой или строкой таблицы с полем Ссылка.

(8) "Запись вида Организация.Ссылка не ведет к загрузке объекта из базы, а просто возвращает уже известное значение ссылки и эквивалентно записи Организация, если Организация является ссылкой"
Это домысел, строка из документации или кем-то доказанный факт?

(8) организация может и всё равно, но если допустим сравнить Субконто1 и Субконто1.Ссылка, то реально в десятки раз по времени разница.