В октябре уволили сотрудника расчет при увольнении составил 1 358,70 а сумма вычета 1400 в итоге рассчитала отрицательный налог и прибавила к сумме к выплате. Если такая ситуация, то налог ведь равен нулю. Как в программе сделать так, чтоб не прибавлял к выплате?

Налог не месячный, а годовой. Учитывается общая сумма дохода за год(до октября включительно) из которой осуществляется вычет.

и как же быть в такой ситуации?

Это получается был применен лишний вычет или как?

(0) А кто ему вернет переплаченный налог?

(4) дяденька с тетенькой!

(4) выбор-то небольшой
либо налоговый агент (имеет ли он такое право?)
либо он сам - подаст декларацию 3-НДФЛ

До октября месяца, т.е в сентябре НДФЛ исчисленный = НДФЛ удержанный, затем в октябре НДФЛ исчисленный становится меньше

(7) смотрите настройки программы, у нас в аналогичной ситуации налог не считал с минусом. Может сами документ завели о возврате налога?

раньше вроде было так:
сотр писал заявление о возврате ему излишне удержанного налога, ему возврщали и все красиво

(9) Это документом Возврат НДФЛ? (7) В настройках расчета НДФЛ у нас стоит нарастающим итогом, а у вас наверно в пределах месячного дохода

(9) за прошлый налоговый период кажется наверное точно нельзя
справку и в налоговую пусть идет, только дорога дороже в несколько раз обойдется
я бы депонировал разницу, и выплатил остаток, подолбив мозги расчетчику