в печати счет-фактуры поставщика есть такой код. проверяется флаг ОбособленноеПодразделение
<1C>
       Если ТипЗнч(КонтрагентПоставщик) = Тип("СправочникСсылка.Контрагенты") И ЗначениеЗаполнено(КонтрагентПоставщик) Тогда
           РеквизитыПоставщика = ОбщегоНазначения.ПолучитьЗначенияРеквизитов(КонтрагентПоставщик, "ГоловнойКонтрагент, ОбособленноеПодразделение");
           Если РеквизитыПоставщика.ОбособленноеПодразделение И ЗначениеЗаполнено(РеквизитыПоставщика.ГоловнойКонтрагент) Тогда
               СведенияОПоставщике = УправлениеКонтактнойИнформацией.СведенияОЮрФизЛице(РеквизитыПоставщика.ГоловнойКонтрагент, Дата);
               СведенияОПодразделенииПоставщика    = УправлениеКонтактнойИнформацией.СведенияОЮрФизЛице(КонтрагентПоставщик, Дата);    
               Если ДанныеДляПечати.Грузоотправитель = "он же" Тогда
                   ДанныеДляПечати.Грузоотправитель = КонтрагентПоставщик;
               КонецЕсли;
           КонецЕсли;
       КонецЕсли;
</1C>
однако он нигде не устанавливается, кроме как при заполнении контрагента в модуле объекта справочника контрагент ОбработкаЗаполнения(Основание):
Если ТипЗнч(Основание) = Тип("СправочникСсылка.Организации") Тогда .... ОбособленноеПодразделение = Истина;    

я так подозреваю, что ОбособленноеПодразделение касается наших обособленных подразделений. но тогда почему в счет-фактуре такая странная проверка. помогите разобраться

контрагент входит в холдинг?

(0)[но тогда почему в счет-фактуре такая странная проверка]
заставь бухов прочесть постановление, написанное в уголке счёт-фактуры, там есть всё про нумерацию

головная организация есть?

(1) контрагент входит в холдинг
(2) это не нумерация - это печать
(3) да. я в счет-фактуре ставлю признак "На поступление", контрагент головная контора, а от кого выписаны документы - не головную

(4)-чет не понял-ты забиваешь контрагентов голову а докумсенты от филиала? а почему тогда не от филиала ставишь?

(4)[ это не нумерация - это печать ]
ещё раз:
заставь бухов прочесть постановление, написанное в уголке счёт-фактуры, там есть всё про нумерацию

(6) при чем здесь нумерация? тут вопрос в заполнении грузоотправителя или слово "он же"
(5) на самом деле контрагент один. но он "вредный". сам счет-фактуру на возврат не печатает, ему печатает наша организация. они не приняли документ, т.к. хотят чтобы в качестве адреса был фактический адрес там, где грузоотправитель. единственно возможное решение в данном случае было ввести еще одного контрагента, который бы использовался только для печати, указав его юридический адрес = фактическому, а головным контрагентом указать реального. и в качестве "составлен от имени" выбирать этого нового контрагента

(7)есть вариант тупее - сделать персональную печатную форму для "вредного" клиента.

я думаю что вместо
Если РеквизитыПоставщика.ОбособленноеПодразделение И ЗначениеЗаполнено(РеквизитыПоставщика.ГоловнойКонтрагент) Тогда

должно быть такое
Если РеквизитыПоставщика.ГоловнойКонтрагент<>КонтрагентПоставщик И ЗначениеЗаполнено(РеквизитыПоставщика.ГоловнойКонтрагент) Тогда

тогда работает именно так как ожидалось

Чем же тебе не нравится условие Если РеквизитыПоставщика.ОбособленноеПодразделение?

ПолуОФФ: Почему счет-фактура выписывается вместо "вредного" клиента? Соответствует ли это правилам ведения учета НДС? ИМХО, левак какой-то.

(10) потому что там всегда = ложь, за (я так подозреваю) исключением, когда контрагента ввели на основании элемента из справочника организации, где организация была обособленным подразделением. т.е. получается что правильно печать работает только для своих контрагентов

(11) конечно не соответствует. однако 1С зачем-то сделала такую печатную форму. могла и не делать

Однако практичнее сделать дополнительную печатную форму нежели расковыривать типовые механизмы. ИМХО.