в феврале была начислена премия (5000 руб)- но начислена некорректно - % шёл не от оклада а от всех сумм начисления. в марте ввели сторно. и мартом же создали новый приказ (4500 руб).
в апреле все начисления прошли правильно - по расчёткам всё сходится.
но при формировании документа Зарплата к выплате, в сумму прибавляется ещё и сумма сторно, т.е. в итоге сумма_начислено<>сумма_к_выплате, т.к. сумма_к_выплате = сумма_начислено + сумма_сторно.

И это по всем сотрудникам по которым было сторно

приведу пример:
Февраль:
Долг за организацией на начало: 0
Долг за работником на начало: 0
Начислено:
 Оклад по дням - 15000
 месячная премия - 5000
Удержано:
 НДФЛ - 2600
Выплачено: 17400
Долг за организацией: 0
Долг за работником: 0

Март:
Долг за организацией на начало: 0
Долг за работником на начало: 0
Начислено:
 Оклад по дням: 15000
 Сторно: -5000
 месячная премия: 4500
Удержано:
 НДФЛ - 1885
Выплачено: 12615
Долг за организацией: 0
Долг за работником: 0

Апрель:
Долг за организацией на начало: 0
Долг за работником на начало: 0
Начислено:
 Оклад по дням: 15000
Удержано:
 НДФЛ - 1960
Выплачено: 18050 (13050+5000)
Долг за организацией: 0
Долг за работником: 0

Можно руками поправить выплату, но где гарантия что он не потянет её в следующий месяц?

ап

в ЗУПе?

да в ЗуПе

в регистрах Зарплата организаций за месяц видно что несмотря на то, что документ сторно оформлен мартом, период взаиморасчётов стоит февраль

я так понимаю от этого всё и идёт

как бы логично должно быть - что если даже регистр попал в февраль - фактически закрытый месяц, то в марте он должен хотя бы показать долг, но он его не показывает

а каким документом сторно сделали?

документом Стронирование
вид: Премии сотрудников  и там же выбор документа

в Структуре задолженности онпоказывает конечное сальдо со знаком минус за февраль
, а в строке март в начальное он его не перекладывает

...и самое интересное в документе Стронирование в ТЧ не даёт редактировать, как бэ намекая - так должно быть

попробуйте сделать исправление премии через кнопку исправить в старом документе - так он правильно подхватывает.

если сейчас открыть документ премии то там пишет что этот документ отменён через сторно, редактировать нельзя -т.е.вроде как подхватывает

через сторно он похоже не корректно делает проводки по регистру зарплата к выплате.
чтоб исправить документ премии нужно сначала удалить сторно