Что-то запутался немного, есть ли в системе объекты, которые будут позволять записывать без программной проверки только данные вида:
а1 b1
a2 b2
a3 b3
и не позволять записывать:
a1 b1
a1 b2
или
a1 b1
a2 b1

?

чтобы значения в поле1 и поле2 присутствовали лишь однажды? справочник с контролем?

В 1С такие объекты не нужны. Вернее они уже есть - это справочники.

(2) это упрощенный случай, имеется ввиду что связь в регистре сведений между двумя полями должная жесткая, а самих полей регистра сведений довольно много - значит можно только программно ПередЗаписью набора проверять?

(3) Да. Только программно.
Я хотел сказать, что на уровне абстракции с которой работает 1С, сложно придумать задачу с такими ключевыми полями. Вот для чего тебе это?

(3) Да

(4) да почему же, например в РН часто встречаются Договор и Контрагент, программно можно записать их рассогласованными

(6) Ключевое слово "программно" !

(7) ну можно и не программно, например в субконто, при желании конечно

(4) зачем мне надо установить связь один к одному? Есть 2 объекта предметной области, неважно какие, пусть справочники например, и между ними надо зафиксировать связь, она взаимооднозначная. Кто на кого должен ссылаться ?

(9) кто-то на кого-то должен все таки

(10) А если сделать непериодический регистр сведений и одного, например, взять ресурсом а другого измерением - то связь
a1 b1
a2 b2
будет все равно возможна

А если Одно измерение и один ресурс?
Тогда получим комбинацию:

(11) сорри:
a1 b1
a2 b1
будет возможна , а значит перед записью набора все равно придется считывать весь регистр сведений.