Суть проблемы - требуется переносить вид документа ЕСЛИ он переносится как объект И НЕ переносить документ если он выгружается по ссылке.
Например есть ПоступлениеТоваровУслуг и СчетФактураПолученный.
1. Если я переношу объект ПоступлениеТоваровУслуг то все переносится
2. Если я переношу СчетФактураПолученный который ссылается на ПоступлениеТоваровУслуг  то ПоступлениеТоваровУслуг  не перезаписывается.
О существовании флажка не переносить свойства объектов я знаю, это не совсем то т.к. часть свойств должны перезаписывать ссылки а часть свойств не должны.
Как сделать такое?

В конвертации объекта СчетФактураПолученный  на закладке настройки поставить галочку "Не создавать новый объект в приемнике если он не найден"

(1) облажался, не то

(2) 2 правила. В первом случае безусловный перенос, во втором "Не создавать новый объект в приемнике если он не найден"

Соответственно поступление идет по первому правилу, а реквизит счет-фактуры - по второму

тогда можно вообще ПКС для ПоступлениеТоваровУслуг  в СчетФактураПолученный не указывать - ничего не перенесется

(5) а если этого прихода еще нет?

ну да ссылок то не будет

(7) Если они там гарантированно есть, то можно поставить галку "переносить ссылку"

Как я понял самое простое для таких объектов как ПоступлениеТоваровУслуг сделать два ПКО одно для самих документов а второе для ссылок,
однако это гемор т.к. придется все ссылки на ПоступлениеТоваровУслуг в ПКС ставить правило а в ссылках составного типа программно определять ПКС.
Еще одним простым выходом может быть создание таблички с НПП выгруженных документов и передача ее на загрузку.
Тогда при загрузке можно фильтровать документы.

(5) счет фактура без ссылки на другой документ не имеет смысла
поэтому ссылка на ПоступлениеТоваровУслуг должна быть

хм, может проще ловить события поиска ссылки и делать отмену загрузки если поиск прошел успешно?
как делать не знаю, просто для размышления

Не переносить по ссылкам у ПТУ

(9) Зачем так сложно. Т.е. в чем проблема?
Делаешь все по дефолту, только говоришь, что не обновлять объект если найден

А для выгрузки поступления делаешь свое правило. Т.е. приход выгружаться будет всегда, а все остальное только если не найден

(13) так нельзя т.к. сами документы именно обновляются т.к. перегрузить конкретный документ из другой системы стандартное действие а вот АВТОМАТИЧЕСКАЯ перезапись документа по ссылке должа быть предотвращена

(14) Что нельзя? В ПВЛ указать свое имя правила конвертации?

*ПВЛ=ПВД

или в каждом документе прописать ИМЯ или поменять имя только в ПВД. Что проще?

Как я понял наиболее универсальный вариант для реализации различной логики загрузки это создать параметр со служебной данных где для каждого выгруженного объекта список объектов в которых он был ссылкой и должен был выгружаться как ссылка этого объекта. В частном случае если выгружался сам объект то список пуст.
Это могло бы позволить реализовать логику загрузки в частности при загрузке смотрим параметр с данными и определяем что делать.

(17) понятно что проще в ПВД написать алгоритм выгрузки для доков который использует добавленные ПКО
Адинес могбы и попроще сделать без дублирования ПКО.

(19) Для чего? В ПВД кроме имение ПКО ничего менять не надо

галка "При переносе объекта по ссылке НЕ создавать новый объект, а только переносить ссылку" - не то?

(21) Не совсем. По условию задачи при перенои поступления нужно обновлять документ. А при переносе счет-фактуры - только создавать новый

(22) ну так он и создастся новый