Подчиненный узел был отключен от центрального в течении рабочего дня, изменения не регистрировалиь, подскажите плз каким образом можно провести регистрацию объектов измененных за этот период?

Обработку напиши.

Просто перепровести документы измененые

нужно сначала узнать какие были изменены.. как только узнаешь и сумеешь отобрать, остальное дело кода из 2-3 строк.

Если менялись справочники, их перезаписать

(2)документы понятно, а справочники и не зависимые регистры?

2(2,4) и вообще постоянно стрелять из гаубицы по микробам.  для надежности.

2(4,5) вы чо - серьезно? откройте для себя СП:

ПланыОбменаМенеджер (ExchangePlansManager)
ЗарегистрироватьИзменения (RecordChanges)
Синтаксис:

ЗарегистрироватьИзменения(<Узлы>, <Данные>)

(5) Если хочешь заморочится, кури журнал регистрации, если не хочешь заморачиваться - зарегистрируй все справочники как измененные :)

(7) +1, о чем и говорил в (1) :)

(9) вообще-то в типовых уже есть обработка